O pesquisador caiense Mário Glaeser fez levantamento sobre a história da paróquia de São Sebastião:

Em vista do rápido desenvolvimento do lugar, a Assembleia Provincial decretou em 15 de Abril de 1873 a transferência da sede política e paroquial de Linha Hortêncio para Porto dos Guimarães.

O Bispo D.Sebastião Dias Laranjeiras não acatou a decisão da assembleia, conservando a sede em São José do Hortêncio, e somente em 1 de Julho de 1879 a desmembrou, criando a paróquia de São Sebastião do Caí.

As primeiras missas foram celebradas na casa de Antônio Guimarães, e por vezes também nas casas de João Ely e Lino do Santos.

O padre Carlos Blees, primeiro vigário da paróquia, não tardou em pensar na organização de cultos religiosos regulares e para tais fins, em 1873, alugou mais tarde comprou uma casa para servir de Capela. Também em 1873, o Bispo D. Sebastião Dias Laranjeiras administrou pela primeira vez o sacramento da Crisma na referida Capela.

Nos livros de registros da Cúria Metropolitana encontram-se duas licenças concedidas para a construção de Capelas:

– A Primeira licença tem data de 1 de Julho de 1864 e foi solicitada por Quintino José da Silva Guimarães para a edificação de uma Capela nas terras doada por Francisco Mateus. com a invocação a São Bernardo.

– A segunda tem a data de 25 de Julho de 1864 e foi solicitada por Antônio da Silva Magalhães para edificar uma Capela com a invocação a Santo Antônio.

Para acabar com os desentendimentos entre os irmãos, cada um querendo a Capela em um lugar, Dom Sebastião Dias Laranjeiras propôs que o Santo Padroeiro fosse São Sebastião seu protetor. A Capela acabou sendo construída nas terras de Francisco Mateus, então Exmo. Bispo D. Sebastião Dias Laranjeiras doou a primeira imagem de São Sebastião esculpida em madeira.

A benção da pedra fundamental realizou-se em meados de Novembro de 1864, mas foram precisos vários anos para a construção da Matriz, pois tendo faltado dinheiro, as obras ficaram interrompidas durante muito tempo. A construção da atual Igreja deu-se entre os anos de 1873 e 1879.

Em 5 de Julho de 1879 ocorreu a benção do novo templo, o sermão festivo foi em língua lusitana, seguida da Procissão da imagem de São Sebastião..

Em 1883 padre Carlos Teschauer foi nomeado Vigário e começou então a construção da torre, cuja planta é de autoria de Costa Gama, o mesmo construtor da barragem no Caí.

Em 15 de Agosto de 1886 padre Carlos benzeu solenemente a cruz de pedra da torre, que foi erguida na presença de muitos paroquianos. A torre tem 34 metros de altura, e por muito tempo foi a torre mais alta de todas as igrejas da colônia Alemã.

A primeira decoração interna da Matriz foi feita pelo Irmão Leigo Hampesch, e aperfeiçoada pelo Ir. Loerken. A atual pintura artística deu-se em 1924.