Até o início do século XIX, a região do Vale do Caí esteve sob jurisdição da comarca de Porto Alegre. Uma parte do território (ao lado esquerdo do rio Caí) pertencia ao município de Porto Alegre e a outra (lado direito) ao de Triunfo. Mas Triunfo também pertencia à comarca de Porto Alegre.

A primeira mudança neste quadro ocorreu em 20 de março de 1875, quando foi criada a comarca de São Leopoldo, desmembrada da Comarca de Porto Alegre. O município de São Leopoldo, naquela época abrangia todo o lado direito do rio Caí.

No mesmo ano, no dia 1º de Maio, foi criada a Comarca de São João do Caí, com sede na vila de São João Batista (hoje, cidade de Montenegro). Que englobava os recém formados municípios de Montenegro e São Sebastião do Caí.

Em 18 de Julho de 1889 foi criada a Comarca de São Sebastião do Caí, desmembrada da Comarca de São João do Caí (com o que constituiu-se a comarca de São João de Montenegro).

Em 15 de janeiro de 1898 foi criada a Comarca de Caxias, desmembrada da Comarca de São Sebastião do Caí.

Em 8 de janeiro de 1985 foi criada a Comarca de Feliz, desmembrada da Comarca de São Sebastião do Caí, com jurisdição sobre os municípios de Feliz e Bom Princípio.

Em 24 de dezembro de 1991 foi criada a Comarca de Portão, desmembrada da Comarca de São Sebastião do Caí, com jurisdição sobre os municípios de Portão e Capela de Santana.

Atualmente, pertencem à Comarca de Montenegro, além do município sede, os de Maratá, Brochier, Pareci Novo, São José do Sul, Salvador do Sul e São Pedro da Serra.

À Comarca de São Sebastião do Caí pertencem, também, os municípios de São José do Hortêncio, Harmonia, Tupandi, Bom Princípio e Capela de Santana.